Si je rembourse un acompte, est-ce que je perds le montant des charges sociales que j’ai payé dessus ?

Non.
Si vous rendez un acompte, il vous suffit de faire une facture d’avoir et de soustraire le montant de celui-ci lors de votre prochaine déclaration.

Par exemple :
vous rendez 500 euros d’acompte et votre chiffre d’affaires mensuel est de 3000 euros. Vous déclarez 3000 – 500 = 2500 euros sur la prochaine déclaration.